آرش بهمنی با گذشت چند روز از جلسه رای اعتماد مجلس به وزرای کابینه روحانی٬ هر روز جزئیات بیشتری پیرامون چگونگی و چرایی عدم رای اعتماد به سه تن از وزرا منتشر می‌شود. تا اینجا خبرها حکایت از نقش مهدی چمران٬ رییس شورای شهر تهران٬ در دادن رای عدم اعتماد به محمد علی نجفی دارد.
هم‌زمان جعفر میلی‌منفرد٬ گفته است که نمایندگان مجلس نهم از وی خواسته بودند از سیدمحمد خاتمی٬ رییس‌جمهور دوران اصلاحات٬ ابراز برائت کند تا بتواند رای اعتماد نمایندگان را به دست بیاورد.
میلی‌منفرد در گفت وگویی با روزنامه شرق٬ در این زمینه گفته است: "من به تجربه و کارنامه کاری‌ام در دهه‌های گذشته افتخار می‌کنم و حاضر نیستم برای رفتارهای در چارچوب و اصول از فرد و نهادی تبری بجویم… مسایل همان چیزهایی بود که در صحن هم مطرح شد، البته درنهایت هم آنها هیچ سند و مدرکی رو نکردند و خیلی از مطالب کذب بود، اوج اسناد همان فیلمی بود که هی دور سر من را هم قرمز کرده بودند که حضار به‌خوبی ببینید اما اصل ماجرا، خلاف قانون نبود… نکات دیگری هم مطرح شد، اینکه در تحصن مجلس ششم که من آن موقع سرپرست وزارتخانه بودم، سوالاتی داشتند و درباره ۱۸ تیر هم که مسایل بسیار بود".
محمدعلی نجفی، جعفر ميلی منفرد و مسعود سلطانی‌فر، گزينه‌های پيشنهادی برای وزارتخانه‌های آموزش و پرورش، علوم، تحقيقات و فناوری و ورزش و جوانان، از سوی حسن روحانی به مجلس بودند که موفق به کسب رای اعتماد نشدند. در این میان محمدعلی نجفی٬ تنها به دلیل کمبود یک رای٬ وزارت آموزش و پرورش را از دست داد.
میلی‌منفرد همچنین پیرامون مساله‌ی بازداشت و توزیع برگه‌های بازجویی خود در مجلس گفت: "انجمن اسلامی مدرسان پس از انتخابات سال ۸۸ نشستی با عنوان «بررسی مسایل و حوادث پس از انتخابات ۸۸» برگزار کرد و ۸۰ نفر از اعضای هیات‌علمی دانشگاه‌ها برای حضور در این نشست جمع شده بودند که خب عده‌ای آمدند و همه استادان را دستگیر کردند، چند ساعتی ما را بازداشت کردند و بعد هم عذرخواهی کردند. شاید سرجمع، سه چهار ساعتی بازداشت بودیم و اینکه بازداشت ما ۴۸ ساعت بوده، صحت ندارد… البته آن برگه، به نظرم برگه بازجویی نبود، برگه‌ای شامل اطلاعات اسم و نام و مشخصات فردی بود و تشریفاتی که باید انجام می‌شد".
پیش از این علی مطهری٬ در گفت‌وگویی با روزنامه شرق٬ با اشاره به رای عدم اعتماد نمایندگان مجلس به برخی وزرا٬ وزارت اطلاعات را به دست داشتن در این زمینه متهم کرده بود: "واضح است که افرادی از برخی نهادها با تعدادی از نمايندگان همکاری داشتن. اين که نماينده‌ها، برگه بازجويی يک وزير را کپی کرده و آن را در کازيه نمايندگان قرار دهند، غيرقانونی بوده و برای همه سوال‌برانگيز است… آن فرد به موضوعی اعتراض داشت و اين که در جاهايی خشونت به خرج داده شده. اين متن مکتوب که البته متنی محرمانه در اختيار افراد خاص و نهادهای امنيتی است، برای همان وزير تبديل به يک جرم بزرگ می‌شود، بر مبنای همين برگه بازجويی، برخی نماينده‌ها اعلام کردند نبايد به اين افراد رای داد. برخی مسئولان چنين نهادهايی در اين قضايا با نمايندگان همکاری داشتند، اين رويه خوبی نيست. مسوولان نامرتبط نبايد در اين ماجرا دخالت کنند، آنها نبايد پشت صحنه ساقط کردن وزرا باشند و برخی نمايندگان را هدايت کنند… يکی از نماينده‌ها وقت گرفته بود تا در موافقت وزير علوم و تحقيقات صحبت کند، اما منصرف شد، بعد هم گفت که از جايی دستور دادند. به اين نماينده گفته شده بود: نبايد وقتش را به ديگری بدهد و بايد انصراف دهد".
هم‌زمان روزنامه بهار با انتشار گزارشی به نقش مهدی چمران٬ رییس شورای تهران در ردصلاحیت محمدعلی نجفی اشاره کرده است. این روزنامه در گزارش خود نوشته است که "رد‌پای شورای شهر تهران در برگه‌ها، کاغذها و فيلم‌هايی بود" که عليه نجفی در مجلس توزیع شده بود.
بهار اقدام به انتشار متن نامه مهدی چمران به علی لاریجانی کرده است که رییس شورای شهر تهران در آن برخی از سخنان نجفی را "غیرواقعی" توصیف کرده است. یک عضو شورای شهر تهران - بدون ذکر نام - به این روزنامه گفته است که "آقای چمران برای نوشتن اين نامه بايد با ساير اعضا مشورت می‌کرد. ما در جريان اين اقدام نبوديم. درست است که ايشان رئيس شورا هستند، اما در شورای شهر تهران ۱۵ نفر تصميم می‌گيرند و نه يک‌نفر".
محمدعلی نجفی پس از عدم رای اعتماد مجلس برای وزارت آموزش و پرورش٬ از سوی حسن روحانی به معاونت رییس‌جمهوری و رئيس سازمان ميراث فرهنگی، صنايع دستی و گردشگری انتخاب شد.
هم‌زمان با انتشار این گزارش در روزنامه بهار٬ محمدعلی نجفی از شورای شهر استعفا کرد. نجفی استعفای خود را به مسوول بخش حقوقی شورای شهر تهران سپرده و گفته می‌شود که دلیل عدم تسلیم آن به چمران٬ رییس شورای شهر٬ اعتراض به نامه‌های وی خطاب به لاریجانی است.
پیش از این غلامرضا تاج‌گردون، عضو هیات‌رییسه مجلس٬ گفته بود که "از شورای شهر هم تلاش‌هایی برای عدم پذیرش آقای نجفی از سوی نمایندگان انجام گرفت".
بهار همچنین نوشته است که نامه چمران به لاریجانی "تنها سنگی نیست که به نظر می‌رسد به واسطه شورای شهر تهران در رای اعتماد نجفی ایجاد شده است، هنوز مشخص نیست چطور بخش‌هایی از فیلم‌های مربوط به جلسات غیرعلنی شورا که تنها به صورت انحصاری در اختیار شورای شهر تهران است از شورا خارج و جهت پیشبرد اهداف سیاسی از آن سوءاستفاده شده است".
پس از پایان جلسات رای اعتماد مجلس به وزرای پیشنهادی٬ علی لاریجانی٬ ریيس مجلس٬ در یک کنفرانس خبری گفته بود: "ممکن است اطلاعاتی از بيرون به نمايندگان داده شود و تاثيرگذار باشد… چنين موضوعی غريب نيست و ما حتی از کسانی که اطلاعات را داده‌اند، تشکر می‌کنيم چون به باور ما مجلس بايد در مورد هر وزير اقناع شود و سپس رای دهد که اين اتفاق نيز افتاد".
پیش از این رسانه‌ها به نقش افرادی هم‌چون غلام‌علی حدادعادل٬ اعضای جبهه پایداری و نزدیکان احمدی‌نژاد به عدم کسب رای اعتماد مجلس به برخی وزرا اشاره کرده بودند.