نادر افشاری در ۱۲ بهمن بهمن ۱۳۹۶ در پی اعتراضات دی‌ماه ۱۳۹۶ در تهران بازداشت شد. او به بند ۲۰۹ زندان اوین منتقل شد. بازداشت او همراه با دیگر فعالان همچون بهنام موسیوند و محمود معصومی رخ داد.
در همان روزهای آغازین بازداشت و در پی محرومیت از تماس تلفنی و ملاقات بود که او دست به اعتصاب غذا و دارو زد. نیروهای سرکوب آنان را متهم کرده بودند که با فعالان بیرون از کشور در ارتباط بوده‌اند و تلاش‌هایی برای از سرگیری اعتراضات مردمی صورت داده‌اند. اعتراضاتی که از دی‌ماه ۹۶ آغاز شده بود.
بازجویان تلاش کرده بودند او را به گروه مجاهدین خلق منسوب کنند که با اعتراض جدی او روبرو شدند. او تاکید کرد که یک فعال حقوق بشر است.
«مریم سبزه‌پرور» - مادر نادر افشاری - در گفتگو با رسانه‌ها تاکید کرده بود پسرش به هیچ گروه سیاسی وابستگی ندارد ولی از رنج مردم رنج می‌کشد: «نه وابسته به گروه‌های سیاسی است و نه اغتشاشگر. او از فقر مردم رنج می‌کشد و از درد مردم دردمند است. همیشه به من می‌گوید قادر نیست نسبت به درد و بیچارگی مردم بی‌تفاوت باشد».
اتهام رسمی نادر افشاری همانطور که قابل انتظار بود، «تبلیغ علیه نظام» و «اجتماع و تبانی برای اقدام علیه امنیت ملی» بود. اتهاماتی که مستندات آن فعالیت او در شبکه‌های اجتماعی نیز بود. نادر افشاری نهایتا در اسفند همان سال به قید وثیقه آزاد شد.
او در تمام طول بازداشت در سلول انفرادی بسر بده بود و شکنجه فیزیکی شده بود؛ هنوز دادگاهی برای اتهامات بازداشت او در بهمن ۹۶ تشکیل نشده بود که دگرباره او در جریان اعتراضات سراسری مرداد ۱۳۹۷ بازداشت شد و این بار حدود دو هفته در خانه‌های امن وزارت اطلاعات در گوهردشت کرج محبوس بود.
در طول همین بازداشت‌های نادر افشاری بود که سازمان عفو بین‌الملل بیانیه‌ای صادر کرد و از نادر افشاری نام برد و گفت: «مقامات ایران ملزم هستند که نادر افشاری و کلیه کسانی که تنها به خاطر شرکت مسالمت‌آمیز در تظاهرات اعتراضی بازداشت شده‌اند را فورا و بدون قید و شرط آزاد و از تمام بازداشت‌شدگان باید در مقابل شکنجه و سایر بدرفتاری‌ها محافظت کنند».
از معدود تصاویری که از مادر نادر افشاری همراه با فرزندش وجود دارد.
در فروردین ۹۸ بود که دادگاه نادر افشاری همراه با دیگر متهمان برگزار شد. قاضی دادگاه، «ابوالقاسم مقیسه» بود و او را بنا به اتهاماتی که در بالا آمدند به شش سال حبس محکوم کرد و دادگاه تجدیدنظر نیز این مدت حبس را عینا تایید کرد.
نکته جالب‌توجه در این دادگاه این بود که عملا هیچ وکیلی حضور نداشت. در خرداد ۱۳۹۹ نادر افشاری برای اجرای حکم زندان خود بازداشت شد. به گزارش منابع حقوق بشری او اکنون در بند ۴ زندان اوین محبوس است.
مادر نادر افشاری در گفتگویی با رسانه‌ها با توجه به اینکه اعتراض بنا به قانون اساسی حق مردم است و جای پسر او در زندان نیست می‌گوید: «قانون اساسی ما حق اعتراض را برای مردم به رسمیت شناخته است. او هم نسبت به شرایط اجتماعی و سیاسی پیرامونش و رنجشی که مردم تحمل می کنند، معترض بوده. او اعتراض آرام و مدنی کرده و این مساله ربطی به اغتشاشگری ندارد».