علی مطهری معتقد است : “برخوردی که با خیلی از منتقدین از جمله اعضای نهضت آزادی شد نامناسب بود. مثل برخوردی که با مرحوم عزت‌الله سحابی شد و یا مسئله مرگ هاله سحابی. اینها کارهای غلطی است که انجام شد و نباید تکرار شود.”
وی در گفت وگو با خبرگزاری آنا، وابسته به دانشگاه آزاد تاکید کرده است: “من آنجایی که برای نظام خطری ببینم و احساس کنم که رویه غلطی در نظام نهادینه می‌شود، حرفم را می‌گویم و به خوشامد و بدآمد کسی هم کاری ندارم. شما هم دیده‌اید که گاهی من حرفی می‌زنم که اصلاح‌طلبان خوشحال می‌شوند و اصولگرایان ناراحت می‌شوند و گاهی برعکس این اتفاق می‌افتد. حرف‌های حساسیت‌برانگیز من آنجاست که مثلا از حقوق خبرنگاری که بازداشت شده است دفاع می‌کنم یا راجع به حادثه بند ۳۵۰ زندان اوین صحبت کردم که باید ابعاد آن روشن شود، یا در مورد ماجرای ستار بهشتی یا مسئله حصر خانگی. من این رویه و این شیوه برخورد با مخالف و منتقد را قبول ندارم و می‌گویم که این برخوردها خلاف اسلام، اخلاق و قانون اساسی است و از طرفی ضرورتی ندارد؛ نظام جمهوری اسلامی از استحکام کافی برخوردار است و نیازی نیست که بخواهیم سخت‌گیری کنیم، همانطور که در گذشته هم برخی کارهای بی‌خود و بی‌جهت انجام دادیم. مثلا آن برخوردی که با آقای منتظری شد، غلط بود و نیازی به آن سخت‌گیری‌ها نبود و البته خلاف نظر امام(ره) هم بود. چون امام(ره) گفت که ایشان باید گرمی‌بخش حوزه‌های علمیه باشد. همچنین برخوردی که با خیلی از منتقدین از جمله اعضای نهضت آزادی شد نامناسب بود. مثل برخوردی که با مرحوم عزت‌الله سحابی شد و یا مسئله مرگ هاله سحابی. اینها کارهای غلطی است که انجام شد و نباید تکرار شود.
من می‌گویم که اگر نظام کار غلطی هم انجام می‌دهد باید عذرخواهی و روش را اصلاح کند نه اینکه روی همین روش‌ها پافشاری شود. وقتی یک کار غلطی رویه می‌شود من از آن انتقاد می‌کنم. وقتی از حصر خانگی انتقاد می‌کنم، منظورم دفاع از آقای موسوی و کروبی نیست که بگویم اینها هیچ خطایی نداشته‌اند و بخواهم یک دفاع صددرصدی بکنم. اصلا بحث شخص و این دو نفر نیست. حتی در انتخابات ۸۸ به آقای رضایی رأی دادم. من واقعا جاهایی که برای نظام و مردم احساس خطر کنم صحبت می‌کنم. حالا ممکن است یک عده هم بگویند که این تصمیم نظام است و نباید حرفی بزنیم، ولی من این را قبول ندارم. یعنی چه تصمیم نظام است و نباید حرفی بزنیم؟ ممکن است تصمیم نظام غلط باشد. هرکسی باید بتواند حرفش را بزند، البته بدون ایجاد آشوب. اظهارنظر باید آزاد باشد. تصمیم نظام است ولی ما به این تصمیم نظام انتقاد داریم. مخصوصا یک نماینده باید بتواند این حرف را بزند.